各地醫療費用的結算程序不同，結算標準和辦法不同，付費方法不同，但歸納起來無外乎兩種結算方式：

一是采用預付制。

二是采用后付制。預付制是指在醫療服務發生之前，醫療保險機構向定點醫療機構或用人單位按一定的標準預先支付費用。采用預付制結算辦法的，醫療保險機構根據與定點醫療機構和用人單位簽訂的職工醫療保險合同或根據地方政府的有關規定，通過“暫付款”科目將所需款項付給醫療保險機構和用人單位，借記“暫付款”科目，貸記“銀行存款??支出戶”科目。

定期報銷時，按照規定的醫療保險費開支范圍和標準，審核醫療保險享受人員的醫療費支出數和用人單位醫療保險費報銷數額，借記“社會統籌醫療基金支出”、“個人帳戶醫療基金支出”、“離休人員醫療基金支出”科目，貸記“暫付款”科目。后付制是指醫療服務發生以后，根據服務發生的費用或者服務發生的量進行付費的方式。

采用后付制結算辦法的，先由醫療機構和用人單位墊付，報銷時，醫療保險機構按規定的開支范圍和標準進行審核，將款項付給定點醫療機構和用人單位，借記“社會統籌醫療基金支出”、“個人帳戶醫療基金支出”、“離休人員醫療基金支出”科目，貸記“銀行存款??支出戶”科目。