改革開放以來，我國事業單位改革取得了重要成效，但相對于其他改革仍然滯后，推動事業單位改革的任務依然繁重。
事業單位改革的出發點是推動公益事業和事業單位更好地發展，改革的核心是創新體制機制，革除制約公益事業發展的制度性障礙。深化事業單位改革，需要從總體上進行統籌規劃和部署;需要配套進行，主要是完善相關財政政策，加大發展公益事業的財政支出，深化事業單位人事制度改革和薪酬制度改革，積極穩妥地推進事業單位養老保險制度改革，解決好新老退休人員待遇、事業單位和機關、企業之間社會保險關系的轉移銜接辦法等問題;需要加強領導，精心組織，整體部署，梯次推進。通過改革，基本建成適應經濟社會發展、人民群眾滿意的*公益服務體系，基本建立公益目標明確、投入機制完善、監管體制健全、治理結構規范、微觀運行高效的*現代事業單位制度。
一、事業單位改革主要思路
按照政事分開、事企分開和管辦分離的要求，以促進公益事業發展為目的，以科學分類為基礎，以深化體制機制改革，總體設計、分類指導、因地制宜、先行試點、穩步推進，進一步增強事業單位活力，不斷滿足人民群眾和經濟社會發展對公益服務的需求。
二、改革的總體目標
通過改革，用的五年時間，在清理規范基礎上完成事業單位分類;到2020年，建立起功能明確、運行高效、治理完善、監管有力的事業單位管理體制和運行機制，構建政府主導、社會力量廣泛參與的公益服務新格局，形成基本服務優先、供給水平適度、布局結構合理、服務公平公正的*公益服務體系。
在5年目標之下，事業單位被劃分為三類：“參照公務員類”，即承擔政府職能的事業單位劃入政府序列;“自收自支”類，即從事生產經營活動的事業單位將被推向市場;“財政補貼”類即公益性事業單位，將從人事管理、收入分配、社會保險、財稅政策和機構編制等方面推進，采取“管辦分離”等辦法完善治理結構。
事業單位實行市場化改革的戰略目標，就是將其從政府機關脫離出來，成為在市場經濟體制下自負盈虧的法人實體;在事業單位形成一種單位自主用人、人員自主擇業、政府依法管理、配套措施完善的分類管理體制;建立一套適合科、教、文、衛等各類事業單位特點，符合專業技術人員、管理人員和工勤人員各自崗位要求的具體管理制度;形成一個人員能進能出，職務能上能下，待遇能升能降，優秀人才能夠脫穎而出，充滿生機與活力的用人機制，實現事業單位人事管理的法制化、科學化。
三、改革要求
按照政事分開、事企分開、管辦分開、營利性與非營利性分開的要求，積極穩妥分類推進事業單位改革。
四、改革的主要任務
(一)科學分類。在對現有事業單位清理規范的基礎上，按照社會功能，將事業單位劃分為主要從事公益服務、主要承擔行政職能和主要從事生產經營活動的三個類別。主要承擔行政職能的，逐步轉為行政機構或將其行政職能劃歸行政機構;主要從事生產經營活動的，逐步改制為企業;只有主要從事公益服務的事業單位繼續保留在事業單位序列，但要強化公益屬性，改革管理體制、運行機制。
(二)實行政事分開。進一步轉變政府職能，理順政府與事業單位的關系。面向社會提供公益服務的事業單位要推進管辦分離，逐步取消與行業管理部門的行政隸屬關系。落實事業單位法人自主權，探索多種形式的事業單位法人治理結構。
(三)深化人事制度改革。以推行聘用制度和崗位管理制度為重點，轉換用人機制，搞活用人制度，建立起權責清晰、分類科學、機制靈活、監管有力的事業單位人事管理制度。
(四)深化收入分配制度改革。建立健全符合事業單位特點、體現崗位績效和分級分類管理的事業單位收入分配制度。
(五)推進以養老保險為重點的事業單位社會保險制度改革。完善事業單位參加基本醫療、失業、工傷、生育保險政策。事業單位養老保險實行社會統籌和個人賬戶相結合，養老保險費由單位和個人共同負擔，單位繳費納入社會統籌基金，個人繳費全部記入個人賬戶。基金單獨建賬，實行省級統籌。在參加基本養老保險的基礎上，建立事業單位工作人員職業年金制度，費用由單位和個人繳納。做好改革前后退休人員養老保障待遇水平的合理銜接。
(六)構建公益服務新格局。鼓勵和支持社會力量興辦公益事業。放寬準入領域，推進公平準入，鼓勵社會力量進入法律法規未禁止的公益事業領域。推動社會事業領域相關產業發展，滿足人民群眾多層次、多樣化的服務需求。
(七)完善支持公益事業發展的財政政策。完善財力與事權相匹配的財政體制，加快形成統一規范透明的財政轉移支付制度，促進不同地區基本公共服務均等化。改革和完完善財政支持公益事業方式，按照國家政策和“以事定費”原則，對不同類型事業單位實行不同的財政支持辦法。有的給予全額經費保障，有的給予一定經費補助，有的通過購買服務等方式給予支持。
五、改革的組織領導
關于事業單位管理體制改革，國家出臺的政策法規多是指導性意見;在改革政策實施上采取試點運行、局部推進的方式，使改革相對分散，缺乏整體性，并且多集中在教、科、文、衛等行業，其他行業涉及較少。從英國的改革來看，公共機構改革之所以能全面推開，與其改革前出臺一部專門法案不無關系。而目前我國事業單位改革中政出多門，“你改你的，我改我的，我還故意不照你那樣改”的部門、地方打架式改革現象非常突出。按照目前的制度設計，目前對我國整體體制(包括事業單位)改革設計、提供方案的就有中央機構編制委員會辦公室和發改委的體制改革司兩個機構，同時，人力資源和社會保障部負責事業單位人事與社會保障制度的制定與落實，財政部負責事業單位國有資產管理改革，另外，其它一些重要部門如科技部、衛生部、教育部等都在推進屬下事業單位的改革。而各省、各市、各縣甚至各鄉也都在推進事業單位改革。在這種制度設計下，我國事業單位改革缺乏一種整體、一以貫之的框架，使得改革總是“只摸石頭不過河”。要解決這種情況，可以借鑒英國公共機構改革的做法，由全國人民代表大會出臺一部指導型的專門法律，從原則上規定我國事業單位改革的基本原則、融資模式、基本治理結構等等，只有這樣才可以解決事業單位改革的“頂層設計”問題，解決各自為政現象。
