在大多數情況下，質譜儀的質量分析原理以及質譜圖記錄的是：

按照化合物的質量(m)進行區分，在質譜圖上記錄化合物的m值

按照化合物的質量與電荷比(m/z)進行區分，在質譜圖上記錄(m/z)值及其對應強度

按照化合物的質量(m)進行區分，在質譜圖上記錄化合物的m值

按照化合物在質量分析器的相對強度進行區分，在質譜圖上記錄相應的強度信號

按照化合物在質量分析器的相對強度進行區分，在質譜圖上記錄化合物的特征離子的保留時間