司法實踐中，申訴時效一直是頗具爭議的問題，法院和仲裁機關的處理也常常有不一致的情況。調解仲裁法不僅規定了申訴時效中止、中斷，還將勞動法中引發爭議的“勞動爭議發生之日”明確規定為“知道或者應當知道其權利被侵害之日”，并將以前的“60日”改為了“1年”。這一轉變消除了舊法的模糊性，為實踐中仲裁機關與法院適用法律的統一奠定了基礎。但仲裁委員會常常以超過申訴時效為由不予受理勞動爭議案件，這種做法可能混淆了申訴時效的性質。

目前關于申訴時效性質有這樣幾種觀點：

一、認為申訴時效是除斥期間，認為超過了該期間,勞動爭議仲裁委員會就不會受理或駁回申請,也就不會啟動勞動爭議仲裁程序,實質上也就從程序上消滅了當事人請求仲裁保護的權利。筆者認為，除斥期間即不變期間，主要適用于形成權，而且期限屆滿將導致權利本身消滅。盡管該觀點認為申訴時效的屆滿并不導致當事人喪失訴訟請求權，其仍應受到民法規定的兩年訴訟時效的保護，但該觀點陷入了自相矛盾的邏輯錯誤。如果勞動爭議申訴時效屬于除斥期間，那么該期間屆滿后，當事人實體權利理應消滅，何來訴訟請求權呢?況且，新法明確規定了申訴時效的中止、中斷。故申訴時效并非除斥期間。

二、認為申訴時效既不是除斥期間，也不是訴訟時效，而是與之并列的特殊的仲裁時效或期限，且該期限僅適用于仲裁階段。筆者認為，此種觀點違背了勞動爭議案件仲裁前置程序的立法本意。仲裁是請求人民法院解決勞動爭議的法定必經程序，是為了將勞動爭議案件及時快速解決在調解、仲裁階段,以使當事人免于訟累，緩解了法院的壓力。如果允許當事人在超出申訴時效之后仍然能獲得訴訟時效的保護，則容易使仲裁程序流于形式，違背立法初衷。況且，時效制度是針對當事人的權利本身而設定的，是為了督促其盡快行使權利，以維持既定法律關系的穩定，而不是針對行政機關或司法機關而設定。一個權利之上不能同時存在兩種時效制度，法律規定仲裁前置程序，并不是賦予當事人選擇程序的權利，而是強制性規定爭議解決的兩個步驟;如允許兩種時效同時存在，則當事人實際上(或者被迫)享有了選擇程序的權利，這是有違立法本意的。

三、認為申訴時效是消滅時效，而不是訴訟時效。該觀點認為訴訟時效與消滅時效不一致，認為仲裁時效的法律效力為義務人取得拒絕履行義務的抗辯權，僅適用于仲裁程序。筆者認為，根據引起時效發生原因的不同以及由此導致的法律效果不同，傳統民法將時效區分為取得時效和消滅時效;我國民法未規定取得時效制度，只是規定了訴訟時效。我國民法規定的訴訟時效類似于消滅時效，其后果是如權利人不行使權利，其法律效果減損;且訴訟時效亦不能由法院主動適用。故該觀點劃分訴訟時效與仲裁時效的依據并不成立;同理，也不能主張一種權利重復適用不同的時效制度。

調解律師認為，申訴時效是一種訴訟時效，是立法者對勞動法律關系的特殊規定。以上三種觀點都從保護勞動者利益出發，將申訴時效與訴訟時效區分開來，并將二者同時適用，這樣有違勞動爭議案件處理程序的連貫性，也在事實上違背了仲裁前置程序。申訴時效是訴訟時效的觀點，不僅符合法理，也正當地保護了當事人權益。

1.申訴時效是一種特殊的訴訟時效。調解仲裁法第二十七條明確對申訴時效進行了規定，為當事人知道或者應當知道其權利被侵害之日起一年，并對拖欠勞動報酬做了特殊的規定。由于仲裁程序是勞動爭議案件的必經程序，并且第四十七條規定了一裁終局制度;可見，勞動爭議案件在經過仲裁后，有一部分案件將不能進入訴訟程序。故此，如果仲裁程序和司法程序適用法律不統一，例如允許存在兩種時效制度，則在勞動者和用人單位之間造成了利益失衡，造成了仲裁前置程序的混亂和尷尬局面，這顯然并非申訴時效的立法意圖。故在新法實施后，申訴時效的訴訟時效性質已經明晰，立法者根據勞動法律關系的特殊性，對勞動法中的時效問題做了特殊規定，應當適用該特殊的訴訟時效。同時，在沒有特殊規定的情況下，申訴時效也應適用民法關于訴訟時效制度的相關規定。

2.如超過申訴時效，履行義務人取得了抗辯權。由于仲裁程序和訴訟程序的連接性，自然不能分別適用不同制度，兩種程序適用的法律規范也應具有一致性，否則仲裁程序前置制度就失去意義。而申訴時效作為訴訟時效的特殊規定，也自然受到訴訟時效理論的約束，即仲裁庭和法院均不能主動援引時效來作為判案的依據;申訴人超過調解仲裁法規定的期限申請仲裁，仲裁庭仍應當進行實體審理，查明是否有中止、中斷的情況，而不能主動援引時效裁定不予受理。申訴時效只是賦予了義務人以抗辯權，義務人若不主動以此作為抗辯，仲裁庭仍不能主動適用時效規定。

3.當事人在仲裁期間未以時效抗辯，在訴訟期間主張時效不能獲得支持。如被訴人在仲裁階段因未提出時效抗辯而導致敗訴，其在訴訟期間又主張時效的，法院應不予采納其觀點。筆者認為，在時效期間屆滿以后，義務人以明示或默示的方法拋棄其取得的時效利益，構成時效利益的拋棄，則應視為時效期間未屆滿，重新開始時效期間的計算。被訴人在仲裁期間如未提出時效抗辯，應視為其默示拋棄其時效利益。故仲裁程序結束后，已經重新開始了時效期間的起算，如被訴人在訴訟階段再行提出時效抗辯，自不能獲得法院支持。當然，如其在仲裁階段提出時效抗辯而未被采納，其在訴訟期間仍可提出，法院仍需重新審查是否超過訴訟時效。