南京醫(yī)科大學(xué)創(chuàng)建于1934年，時(shí)名江蘇省立醫(yī)政學(xué)院。1957年，由鎮(zhèn)江遷至南京，更名為南京醫(yī)學(xué)院。1962年，被列為全國(guó)首批六年制醫(yī)藥院校。1981年，被批準(zhǔn)為全國(guó)首批博士、碩士學(xué)位授予單位。1993年，更名為南京醫(yī)科大學(xué)。學(xué)校是江蘇省屬重點(diǎn)建設(shè)高校。2015年9月，獲準(zhǔn)成為首批教育部、國(guó)家衛(wèi)生計(jì)生委與省政府共建醫(yī)學(xué)院校。
學(xué)校設(shè)有23個(gè)學(xué)院（部）和1個(gè)獨(dú)立學(xué)院??康達(dá)學(xué)院。在江蘇、上海、浙江、山東等地?fù)碛?4所附屬醫(yī)院和50多所教學(xué)醫(yī)院。學(xué)校現(xiàn)有在職教職工1700多人，其中學(xué)校編制專任教師853人。有教授188人、副教授252人，有博士生導(dǎo)師587人、碩士生導(dǎo)師2014人（含附屬醫(yī)院）。學(xué)校現(xiàn)有中國(guó)工程院院士1名，美國(guó)國(guó)家醫(yī)學(xué)院外籍院士1名，“*”特聘教授3名，“*獎(jiǎng)勵(lì)計(jì)劃”青年學(xué)者2 位，國(guó)家“*”百千萬工程領(lǐng)軍人才1人，國(guó)家“*”9人，國(guó)家杰出青年科學(xué)基金獲得者7人，優(yōu)秀青年基金獲得者8人，國(guó)家級(jí)教學(xué)名師1人，入選“教育部新世紀(jì)優(yōu)秀人才支持計(jì)劃”7人， “國(guó)家級(jí)教學(xué)團(tuán)隊(duì)”3個(gè)，教育部“創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)”1個(gè)。學(xué)校是江蘇省高層次人才培養(yǎng)計(jì)劃??“333工程”培訓(xùn)基地。
學(xué)校現(xiàn)有一級(jí)學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)8個(gè)（基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、口腔醫(yī)學(xué)、公共衛(wèi)生與預(yù)防醫(yī)學(xué)、藥學(xué)、特種醫(yī)學(xué)、護(hù)理學(xué)、人文醫(yī)學(xué)）、二級(jí)學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)50個(gè)；一級(jí)學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)11個(gè)、二級(jí)學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)73個(gè)；博士后科研流動(dòng)站7個(gè)，學(xué)位授權(quán)點(diǎn)已覆蓋醫(yī)學(xué)、理學(xué)、工學(xué)、管理學(xué)、法學(xué)、教育學(xué)和文學(xué)等7個(gè)學(xué)科門類；擁有3個(gè)國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科、1個(gè)國(guó)家重點(diǎn)培育學(xué)科、28個(gè)國(guó)家臨床重點(diǎn)專科、2個(gè)江蘇省一級(jí)學(xué)科重點(diǎn)學(xué)科、3個(gè)江蘇省一級(jí)學(xué)科重點(diǎn)培育學(xué)科。臨床醫(yī)學(xué)、分子生物學(xué)與遺傳學(xué)、生物學(xué)與生物化學(xué)、神經(jīng)科學(xué)與行為學(xué)、藥理學(xué)和毒理學(xué)、免疫學(xué)、一般社會(huì)科學(xué)7個(gè)學(xué)科進(jìn)入ESI全球排名前1%。基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、公共衛(wèi)生與預(yù)防醫(yī)學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、口腔醫(yī)學(xué)是江蘇省高校優(yōu)勢(shì)學(xué)科。

學(xué)校設(shè)有24個(gè)本科專業(yè)和3個(gè)“5+3”本碩一體化專業(yè)。目前，在校生總數(shù)為1.4萬多人，已形成從本科生、研究生到博士后，從全日制到成人教育、留學(xué)生教育全方位、多層次的教育體系。
學(xué)校現(xiàn)有1個(gè)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、1個(gè)國(guó)家級(jí)國(guó)際聯(lián)合研究中心、4個(gè)部級(jí)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、20個(gè)省級(jí)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室（工程中心）。“十二五”以來，學(xué)校的科研水平不斷躍升，承擔(dān)了多項(xiàng)國(guó)家“863”、“973”項(xiàng)目，獲得國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目不斷實(shí)現(xiàn)新突破，發(fā)表的SCI論文數(shù)量及論文影響因子均明顯增長(zhǎng)。，我校獲得272項(xiàng)國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目，項(xiàng)目數(shù)位居獨(dú)立設(shè)置醫(yī)科大學(xué)第1位。連續(xù)多年被評(píng)為“江蘇省科技工作先進(jìn)高校”。
學(xué)校現(xiàn)已建成5門國(guó)家級(jí)精品課程，4門國(guó)家級(jí)精品資源共享課 ，有5個(gè)國(guó)家級(jí)特色專業(yè)、5個(gè)省級(jí)特色專業(yè)、4個(gè)省級(jí)品牌專業(yè)、2個(gè)國(guó)家級(jí)雙語教學(xué)示范課程；建成2個(gè)國(guó)家級(jí)實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心、1個(gè)國(guó)家級(jí)虛擬仿真實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心、12個(gè)省級(jí)實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心、19個(gè)中央和地方財(cái)政共建高校教學(xué)實(shí)驗(yàn)室、有1個(gè)國(guó)家級(jí)人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新試驗(yàn)區(qū)。主編6部國(guó)家“十二五”規(guī)劃教材。學(xué)校通過教育部臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)認(rèn)證，得到8年最長(zhǎng)認(rèn)證周期。學(xué)校的招生和就業(yè)工作受到社會(huì)各界的好評(píng)，就業(yè)率始終保持在95%以上，多次被評(píng)為“江蘇省畢業(yè)生就業(yè)工作先進(jìn)集體”。
學(xué)校設(shè)有兩個(gè)校區(qū)（江寧校區(qū)和五臺(tái)校區(qū)）。江寧校區(qū)位于南京市江寧區(qū)大學(xué)城，占地面積1300畝，是行政、教學(xué)和科研中心。五臺(tái)校區(qū)位于南京市鼓樓區(qū)五臺(tái)山南麓，占地120畝，是臨床教學(xué)和研究中心。學(xué)校圖書館有紙質(zhì)圖書113萬余冊(cè)、中、外文電子圖書540萬余冊(cè)，中、外文全文電子期刊約2.5萬余種，是江蘇省醫(yī)學(xué)圖書中心館和高校文獻(xiàn)保障系統(tǒng)醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)中心。學(xué)校主辦有11種學(xué)術(shù)期刊。
近年來，學(xué)校廣泛開展對(duì)外交流活動(dòng)，積極與國(guó)內(nèi)外的高等院校建立形式多樣的聯(lián)系與合作。學(xué)校與美國(guó)、加拿大、澳大利亞、瑞典、日本、臺(tái)灣、香港等國(guó)家和地區(qū)的醫(yī)學(xué)院校或科研機(jī)構(gòu)建立了雙邊合作、學(xué)術(shù)交流關(guān)系。學(xué)校于2002年恢復(fù)招收留學(xué)生和港澳臺(tái)學(xué)生，現(xiàn)有在校留學(xué)生和港澳臺(tái)學(xué)生500多人。
進(jìn)入“十三五”，全校師生醫(yī)護(hù)員工凝心聚力、統(tǒng)籌施策、開拓創(chuàng)新、改革攻堅(jiān)，全面啟動(dòng)實(shí)施“十三五”發(fā)展規(guī)劃，努力把學(xué)校建成國(guó)際知名、特色鮮明的高水平研究型醫(yī)科大學(xué)。