云南省共有7所三本批次招生的大學參與了2016云南三本大學排名理科，其中排名第一的是昆明醫科大學海源學院，排名第二的是云南大學滇池學院，排名第三的是云南師范大學商學院。
以下是云南三本大學排名理科2016具體榜單，根據2015年理科三本錄取平均分排名。
| 云南三本大學排名 | 學校名稱 | 錄取線差 | 省市分數線 | 錄取平均分 |
| 1 | 昆明醫科大學海源學院 | 35 | 380(第三批) | 415 |
| 2 | 云南大學滇池學院 | 32 | 380(第三批) | 412 |
| 3 | 云南師范大學商學院 | 25 | 380(第三批) | 405 |
| 4 | 云南藝術學院文華學院 | 13 | 380(第三批) | 393 |
| 5 | 云南經濟管理學院 | 12 | 380(第三批) | 392 |
| 6 | 云南大學旅游文化學院 | 11 | 380(第三批) | 391 |
| 7 | 云南工商學院 | 11 | 380(第三批) | 391 |
