牡丹區小學：
一、市、區直小學
菏澤學院附小
區域1：西至西大堤，東至西安路，南至曹州路，北至華西路。
區域2：西至西安路，東至西環城河，南至東方紅大街，北至八一路。
區域3：含菏澤學院教師子女。
牡丹區第二小學
區域1：西至西環城河，東至東順城街，南至東方紅大街，北至八一路。
區域2：西至西環城河，東至廣福街，南至南環城河，北至東方紅大街。
區域3：西至廣福街（成陽路），東至解放大街，南至長江路，北至東方紅大街。
牡丹區實驗小學
區域1：西至西安路，東至廣福街（成陽路），南至長江路，北至東方紅大街（環城河以外）。
區域2：西至吳堤口村東南北大街，東至西安路，南至南大堤，北至曹州路。
二、西城轄區小學
牡丹區第四小學
西至西安路，東至廣福街，南至八一路，北至康莊路（含龍廳、黃巢社區）。
中華西路小學
西至銀川路，東至吳堤口村東南北大街，南至鐵路，北至曹州路（含吳堤口、興華、華西、百園四個社區及小商品城、鞋城）。
李峨小學
西至銀川路，東至西大堤，南至曹州路，北至黃河路（含李峨、民泰兩社區）。
西苑小學

萬福、新菏兩個社區。
三、南城轄區小學
牡丹區第一小學
西至解放街，東至青年路，南至中華路，北至東方紅大街。
南關小學
西至解放街，東至太原路，南至長江路，北至中華路。
張樓小學
西至田口村，東至成陽路，南至萬福河，北至長江路（含郭大千、張樓兩社區）。
程堤口小學
區域1：西至成陽路，東至牡丹路，南至鐵路，北至長江路。
區域2：程堤口社區。
侯店小學
侯店、黃口兩社區。
四、東城轄區小學
牡丹區第八小學
區域1：西至青年路，東至太原路，南至中華路，北至丹陽路。
區域2：倉房社區。
東關小學
區域1：西至青年路，東至牡丹路，南至丹陽路，北至黃河路。
區域2：西至東環城河，東至青年路，南至東方紅大街，北至康莊路（含東祥、東和、勝利社區）。
楊莊小學
西至牡丹路，東至太原路，南至丹陽路，北至謝場社區。
雙河小學
西至太原路，東至趙王河，南至丹陽路，北至打漁店社區。
五、北城轄區小學
牡丹區第五小學
北辰、益民、句陽、八一、宏利五個社區。
北苑小學
田苑、文苑、藝苑三個社區。
貴陽路小學
河西、河東、福臨三個社區（含新世界國貿中心）。
牡丹區：初中階段學區
牡丹區第二十一中學
牡丹區實驗小學、牡丹區第二小學和南城轄區所屬小學（牡丹區第一小學、南關小學、張樓小學、程堤口小學和侯店小學）符合入學條件的畢業生。
牡丹區第二十二中學
東城轄區所屬小學（牡丹區第八小學、東關小學、楊莊小學和雙河小學）符合入學條件的畢業生；菏澤市實驗小學及春蕾小學、勝利小學、菁華小學、華蕾小學四處民辦學校符合牡丹區城區入學條件的畢業生。
牡丹區實驗中學
菏澤學院附小、西城轄區所屬小學（牡丹區第四小學、中華西路小學、李峨小學和西苑小學）符合入學條件的畢業生。
牡丹區實驗中學分校
北城轄區所屬小學（牡丹區第五小學、北苑小學和貴陽路小學）符合入學條件的畢業生。
另：晨曦中學、旺子中學、梅園學校、經緯中學、曹州武術學校、弘達武校、搏擊運動學校、熒星學校本校小學畢業生。
開發區：小學階段學區
菏澤市實驗小學
1、和平路以西，五屯路以北，洙水河以南，太原路（長江路以北）、育才路（長江路以南）以東。
2、東校區只招收銀河紡織職工子弟及耿莊原村民子女。
趙王李小學
長城路以北的丹陽轄區。
大成莊小學
長城路以南，黃河路以北的丹陽轄區。
何樓小學
黃河路以南，京九鐵路以西，人民路以東，中華路以北。
丹陽路小學
趙王河以東，人民路以西，洙水河以北的丹陽轄區。
趙堂小學
洙水河以南，和平路以東，人民路以西，長江路以北。
開發區實驗小學
1.中華路以南，京九鐵路以西，長江路以北，人民路以東。
2.京九鐵路以西，長江路以南，和平路以東，五屯路以北；五屯路以南，育才路以東，和平路以西，新石鐵路以北及和平人家小區，劃歸開發區實驗小學西校區。
大屯小學
京九鐵路以西，五屯路以南，和平路以東，新石鐵路以北；新石鐵路以南、人民路兩側的丹陽轄區。
劉廟小學
劉廟社區
蘆莊小學
京九鐵路以東、長江路以南的丹陽轄區。
廣州路小學
京九鐵路以東、長江路以北的丹陽轄區。