復旦大學上海醫學院（原上海醫科大學）創建于1927年，創立時名為國立第四中山大學醫學院，是中國人創辦的第一所國立大學醫學院，顏福慶出任首任院長。1932年，獨立為國立上海醫學院（簡稱上醫），為當時中國唯一的國立醫學院。1939年，因抗戰爆發內遷至云南昆明。1940年，輾轉遷至四川重慶。1946年，抗戰勝利，遷回上海。1952年，更名為“上海第一醫學院”。1959年，被定為全國16所重點高等學府之一。1985年，更名為“上海醫科大學”。2000年，上海醫科大學和復旦大學合并辦學，組建成為新的復旦大學。2012年，新的上海醫學院成立，作為復旦大學黨政的派出機構，根據學校的授權，在大醫口的人才培養、科學研究、學科建設、發展規劃、資源配置、對外交流等方面，行使相對獨立的管理權限。2017年，中共復旦大學上海醫學院工作委員會（簡稱上海醫學院黨工委）成立，是學校黨委的派出機構，負責統籌協調醫口機關黨的工作，領導醫口機關群團工作，指導醫學相關院系、所、中心和附屬醫院黨的思想、組織、作風、制度、反腐倡廉建設及附屬醫院行風建設，切實發揮領導核心和監督保證作用，為大醫口建設、改革、發展和穩定提供保證。
有直屬院系所9個。設有本科專業9個：臨床醫學（八年制）、臨床醫學（五年制）、臨床醫學（六年制）、基礎醫學、法醫學、預防醫學、公共事業管理、藥學、護理學，高職專業1個：護理。有博士學位授予權的一級學科9個（醫學門類6個，非醫學門類3個），設有博士后科研流動站8個：生物學、基礎醫學、臨床醫學、公共衛生與預防醫學、中西醫結合、藥學、公共管理（醫）、護理學。 現有博士研究生2 281人，碩士研究生2 533人，普通本科生3 696人，專科生496人，共計9 006人。有中國科學院院士6人，中國工程院院士5人，教育部“*獎勵計劃”特聘教授28名，講座教授8名，另有青年*6名。“國家重點基礎研究發展計劃（含重大科學研究計劃）”項目首席科學家16人。國家杰出青年基金獲得者36人，國家自然科學基金優秀青年基金獲得者15人。
有一級學科國家重點學科3個：生物學、基礎醫學、中西醫結合，二級學科國家重點學科12個：內科學（心血管病、腎病、傳染病）、兒科學、神經病學、影像醫學與核醫學、外科學、眼科學、耳鼻咽喉科學、腫瘤學、婦產科學、流行病學與衛生統計學、藥劑學、社會醫學與衛生事業管理；有國家老年疾病臨床醫學研究中心和國家兒童醫學中心；有國家重點實驗室1個：醫學神經生物學，教育部重點實驗室5個：醫學分子病毒學、代謝分子醫學、智能化遞藥、公共衛生安全、癌變與侵襲原理，衛計委（衛生部）重點實驗室9個：糖復合物、抗生素臨床藥理、手功能重建、衛生技術評估、醫學分子病毒學、聽覺醫學、近視眼、病毒性心臟病、新生兒疾病，上海市重點實驗室8個：周圍神經顯微外科、醫學圖像處理與計算機輔助技術、器官移植、女性生殖內分泌相關疾病、視覺損害與重建、乳腺腫瘤、出生缺陷防治、老年醫學臨床。
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