上海最好的醫藥大學主要有以下幾所：
1、復旦大學
復旦大學的醫學有基礎醫學院、上海醫學院、公共衛生學院、藥學院、護理學院、生命科學學院6個醫學相關學院，有10個附屬醫院。
2、同濟大學
同濟大學的醫學有醫學院、生命科學與技術學院、基礎醫學院、預防醫學院、口腔醫學院、臨床醫學院6個醫學相關學院，有9個附屬醫院。
3、上海交通大學
上海交通大學的醫學有藥學院、生命科學學院、臨床醫學院、口腔醫學院、公共衛生學院、護理學院6個醫學相關學院，有13所附屬醫院。
4、上海第二軍醫大學

是中國人民解放軍總后勤部直屬的一所為軍隊培養醫學專門人才及衛生管理干部的全國重點醫科大學，有基礎部、海醫系、藥學院、衛勤系、護理學院、心理與精神衛生學系、熱帶醫學與公共衛生學院、外訓系、中醫系這“一部八系”，有4個附屬醫院。
5、上海中醫藥大學
上海中醫藥大學有基礎醫學院、中藥學院、針灸推拿學院、護理學院、醫學技術學院、康復醫學院、5個臨床醫學院，共有11個醫學院，5個附屬醫院。