牡丹江比較好的大專院校有：牡丹江大學、黑龍江林業職業技術學院、黑龍江農業經濟職業學院、黑龍江商業職業學院、黑龍江幼兒師范高等專科學校。
1、牡丹江專科學校名單一覽表
| 序號 | 學校名稱 | 主管部門 | 所在地 | 辦學層次 |
| 1 | 牡丹江大學 | 黑龍江省 | 牡丹江市 | 專科 |
| 2 | 黑龍江林業職業技術學院 | 黑龍江省 | 牡丹江市 | 專科 |
| 3 | 黑龍江農業經濟職業學院 | 黑龍江省 | 牡丹江市 | 專科 |
| 4 | 黑龍江商業職業學院 | 黑龍江省 | 牡丹江市 | 專科 |
| 5 | 黑龍江幼兒師范高等專科學校 | 黑龍江省 | 牡丹江市 | 專科 |
2、牡丹江本科學校名單一覽表
| 序號 | 學校名稱 | 主管部門 | 所在地 | 辦學層次 |
| 1 | 牡丹江醫學院 | 黑龍江省 | 牡丹江市 | 本科 |
| 2 | 牡丹江師范學院 | 黑龍江省 | 牡丹江市 | 本科 |
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