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(一)辦公室(信訪科)。綜合協調機關政務；負責機關財務和國有資產管理、重要會議的組織安排和督辦查辦工作；負責文秘、保密、信息、宣傳、檔案、保衛等工作；協調、指導、檢查、督促全市教育系統信訪工作；負責教育系統新聞輿論工作的組織指導和協調。

(二)人事科。負責機關及直屬單位的人事和機構編制管理工作；負責教育系統的表彰獎勵工作；指導教師資格的認定管理；負責授權范圍內的干部管理工作；負責教師職務評聘工作；規劃并指導教育行政管理人員、中等以下學校校長(含幼兒園園長)和教師隊伍建設；配合有關部門研究落實各級各類學校的編制標準；指導各級各類學校內部人事與分配制度改革，承擔教育系統人才隊伍建設工作。

(三)發展規劃科。擬訂全市教育事業發展規劃并組織實施；會同有關部門承辦市屬中等職業學校的設置、撤銷和更名；擬訂市屬中專、高中招生計劃；管理局屬單位基本建設項目及教育基建投資；負責全市教育事業基本信息統計分析工作。

(四)財務審計科。參與擬訂教育經費籌措、教育撥款和教育基建投資計劃；統籌管理教育經費，編制局屬單位教育事業費預決算，管理國有資產和教育專項經費、國內外教育貸款、贈援款；負責局屬單位的財務監管工作；指導和推進學校后勤工作和后勤改革；負責有關工商、稅務、財務檢查等方面的協調工作；負責教育系統內部審計工作。

(五)基礎教育一科(南陽市農村中小學現代遠程教育應用指導辦公室)。承擔義務教育的宏觀管理工作；擬訂推進義務教育均衡發展規劃，提出保障學生平等接受義務教育的政策性措施；規范義務教育學校辦學行為，推進義務教育教學和課程改革；組織審定義務教育階段市級課程教科書，指導教學信息化、圖書館、實驗設備配備工作；指導義務教育階段學校的德育、校外教育；指導社會力量舉辦的義務教育工作；負責全市民辦教育的綜合協調工作；負責全市農村中小學現代遠程教育工程的管理、教學資源開發、人員培訓、應用指導等工作。

(六)基礎教育二科。承擔普通高中教育、學前教育和特殊教育的宏觀管理工作；擬訂普通高中教育、學前教育、特殊教育的發展措施和基本教學文件；組織審定普通高中、學前教育和特殊教育的市級課程教科書，推進課程改革；指導普通高中、學前教育和特殊教育的教學信息化、圖書館、實驗設備配備工作，指導普通高中、學前教育和特殊教育學校的德育、校外教育；指導社會力量舉辦的普通高中教育、學前教育和特殊教育工作。

(七)職業教育與成人教育科。統籌管理全市普通及成人中等職業學歷教育、成人文化技術教育，指導中等職業教育教學改革和德育工作；負責中等職業教育教材建設和師資培訓；指導社會力量舉辦的各類中等職業學校的工作；承擔掃除青壯年文盲的管理與指導工作。

(八)高等教育科。歸口協調全市高等教育的發展和結構調整工作；在授權范圍內協調管理高等院校的思想政治工作；管理社會力量舉辦的高等教育助學機構和函授機構；管理各類高等繼續教育和遠程教育工作。

(九)師資培訓科。指導全市中小學教師的培養和培訓工作；負責實施中小學名師工程；參與全市中小學教師隊伍建設；負責中小學教師師德建設；指導全市教師進修學校的建設工作。

(十)體育衛生藝術教育科。擬訂體育、衛生、藝術教育教學的指導性文件；指導學校體育、衛生健康教育、藝術教育工作；協調學校組團參加重大體育競賽和藝術活動；指導學生的軍訓和國防教育工作。

(十一)教育督導辦公室。落實教育督導的規章制度和標準，指導全市教育督導工作；組織對下級教育行政部門、中等及中等以下教育、掃除青壯年文盲工作的督導評估和檢查驗收；發布全市教育督導報告；組織開展全市基礎教育發展水平和質量監測；承擔全市教育督導團的具體工作；負責教育系統綜合法規宣傳教育和執法監督工作；承擔機關有關規范性文件的審核工作，負責機關行政復議和行政應訴工作。

(十二)學校安全管理科。負責擬訂教育系統安全工作計劃和安全應急預案；負責義務教育、普通高中教育、中等職業教育、學前教育和特殊教育學校的安全教育、安全管理工作；負責協調學校治安的綜合治理；協調解決學校安全工作中的重大問題。

機關黨委。負責局機關和直屬單位的黨群工作，指導教育系統精神文明建設。

離退休干部工作科。負責局機關離退休干部工作。指導直屬單位的離退休干部工作。

派駐機構：派駐紀(工)委監察室。負責局機關和直屬單位的紀檢監察工作。