這次國家《基本醫療保險藥品目錄》調整和《工傷保險藥品目錄》制定工作主要分三個階段：

第一階段是準備階段，主要工作：一是收集整理藥品資料并進行分析。二是在征求各方面意見的基礎上制定工作方案。三是組織專家研究制定評審工作技術方案。四是組織研究制定劑型規范方案。五是調整增補咨詢專家和遴選專家。

第二階段是藥品評審階段。主要工作：一是組織專家研究調整《基本醫療保險藥品目錄》藥品分類。二是組織咨詢專家在討論的基礎上確定備選藥品名單。三是選擇部分有代表性的省市，組織遴選專家對備選藥品提出評審意見。四是對遴選專家的意見進行統計分析。

第三階段是論證發布階段。主要工作：一是對組織咨詢專家對遴選專家的意見進行論證。二是組織專家研究提出對部分藥品使用范圍進行規范的具體意見。三是按規定程序審批發布2004年版國家《基本醫療保險藥品目錄》和《工傷保險藥品目錄》。