水文與水資源工程：
是河海大學最早的學科之一，1952年，著名水文學家劉光文教授等創建了我國第一個水文專業。并于1955年招收研究生，是我國第一批培養研究生的學科點。擁有水文水資源與水利工程科學國家重點實驗室，以及由多名院士、教授、博導組成的雄厚的師資隊伍，所以還被稱為“培養河海水利精英的搖籃”。
水利工程：
是河海大學一所集教學、科研及工程于一體的學院，也是我國水利學科專業設置歷史悠久、水利特色最為顯著的學院。是國家一級重點學科，經過數十年的建設與發展，學院的水利水電專業已成為國內的名牌專業。在三峽、小浪底、南水北調等重大工程中，都有河海大學水利工程學的優秀學子的參與。
移民工程：
是河海大學首創的，由于三峽大壩建設帶來的移民安置等問題引發的新專業。近幾年，隨著我國水利開發項目的增多，這個專業也逐漸地火起來了。
土木工程：
是河海大學的另一個傳統優勢專業，在國際國內都頗有影響。擁有一批國內外知名的專家學者，近幾年來完成各類科學研究項目至少達750項，年均科研經費近3000萬元。其中包括國家973計劃、國家863計劃、國家自然科學基金、國家“九五”科技攻關項目，以及三峽工程、黃河小浪底工程、二灘工程、南京地鐵、蘇通長江公路大橋、潤揚長江公路大橋、江陰長江公路大橋、南京長江二橋、南水北調工程等重大科研項目，足可見其雄厚的學科實力。
港口航道與海岸工程：
河海大學和江蘇省的品牌專業，也是這個學校一直以來就業率很高的專業之一。本學科在方向上已形成了港航并重，河口、海岸工程為特色，將結構與動力，固體與流體結合的門類齊全的學科體系。學生畢業后主要從事港口、海岸及近海工程的規劃;河口、海岸水動力學環境及綜合治理;航道沖淤演變規律及其防治措施;港口航道工程結構及其基礎;港口、海岸工程開發技術經濟等工作，就業領域十分廣泛。蘇州大學重點優勢專業介紹 南京大學優勢特設專業介紹 內蒙古大學重點優勢專業介紹 東南大學重點優勢專業介紹 中國地質大學(北京)重點優勢專業介紹 中央財經大學重點優勢專業介紹 南開大學重點優勢專業介紹 北京師范大學重點優勢專業介紹 中國傳媒大學重點優勢專業介紹 對外經濟貿易大學重點優勢專業介紹 北京科技大學重點優勢專業介紹 北京航空航天大學重點優勢專業介紹 中國人民大學重點優勢專業介紹 上海財經大學優勢重點專業介紹 北京大學重點優勢專業介紹 華東理工大學重點優勢專業介紹 清華大學重點優勢專業介紹 合肥工業大學優勢重點專業介紹 華東師范大學重點優勢專業介紹 中國科學技術大學重點優勢專業介紹