在校本科生將可以通過三次自選專業的機會和個性化培養方案，實現百分之百自主選擇專業。據悉，如此大的自由度在國內重點高校中尚屬首次。

根據中科大的政策，本科生進校后至少有三次自選專業的機會：進校一年后，學生根據興趣在全校范圍內自選學院或學科；　二年級春季學期可申請學校統一組織的中期分流；　二年級及更高年級每學期均可個別申請轉專業。

申請轉專業的學生如因成績、面試等原因未能如愿，但不愿放棄，中科大學生學業指導中心的專家將“一對一”指導，為其制訂個性化學習計劃和課程研修方案，幫助其修完意向專業學分、達到畢業要求，獲得該專業的畢業證書和學位證書。

據介紹，為支持學生根據自己的志趣選擇專業，中科大在招生口徑、學籍管理、專業指導、課程設置等方面進行了一系列配套改革。如修訂課程體系，使全校大部分專業的低年級課程以夯實數理基礎為主，大三才開始安排專業課，“使學生有充分的時間和空間，探索自己未來要走的路。”